آزمایش تشخیص مولکولی استاندارد طلایی تشخیص بیماری کووید-19 است. تاییدقطعی ابتلا به کووید-19 بر اساس کشف توالی اختصاصی اسید نوکلئیک ویروس بوسیله روش RT-PCR و در صورت لزوم، تایید آن از طریق تعیین توالی است. تاکنون نواحی مشخصی در ژن های S ،N ،E و RdRp به عنوان هدف مورد استفاده قرار گفته اند. مطابق با توصیه سازمان جهانی بهداشت، برای تشخیص ویروس کووید-19 در مناطقی که این ویروس در چرخش نیست، یک نتیجه مثبت آزمایش تشخیص مولکولی برای حداقل دو هدف متفاوت در ژنوم ویروس، که حداقل یکی از آنها برای این ویروس اختصاصی باشد یا نتیجه مثبت آزمایش تشخیص مولکولی برای یک توالی هدف مشترک بین بتاکرونا ویروسها و ویروس کووید-19 که با آزمایش تعیین توالی به تائید برسد، کافیست. اما در مناطقی که ویروس بطور وسیع در حال چرخش است می توان از الگوریتم ساده تری که در آن غربالگری برای جستجوی فقط یک توالی هدف برای تشخیص انجام میشود، استفاده نمود.
بدست آوردن یک نتیجه منفی وجود بیماری را رد نمیکند و ممکن است در موارد خاص نمونه برداری تکرار و در صورت امکان از نمونههای دستگاه تنفسی تحتانی برای انجام آزمایش استفاده شود.
به طور کلی عوامل زیر در حساسیت آزمایش تشخیص مولکولی و اعتبار نتایج آن مهمترین تاثیر را دارند:
۱-انتخاب محل آناتومیک برای نمونه برداری و نحوه جمع آوری نمونه (مهارت نمونه گیر).
۲-زمان و مرحله بیماری (عموماً افراد مبتلا که دارای علایم بالینی هستند ویروس بیشتری نسبت به قبل و بعد از آن دارند).
۳- رعایت استانداردهای تضمین کیفیت آزمایشگاهی در نگهداری و ارسال نمونه و انجام آزمایش.
۴- نوع کیت تشخیص مولکولی یا پروتکل آزمایشگاهی که برای تشخیص مورد استفاده قرار می گیرد.
۵- دفعات انجام آزمایش (در شرایطی که نتیجه یک آزمایش منفی می شود، تکرار آزمایش می تواند به یافتن موارد مثبت کمک کند).