در اواخر سال ۲۰۱۹ تعدادی پنومونی غیرقابل توضیح در ووهان چین گزارش شد که هیچ کدام از کیت های تشخیصی موجود نتوانستند عامل پاتوژن را شناسایی کنند. از ۹ بیمار در ۳ بیمارستان مختلف نمونه برداری شد و مشخص گردید این ویروس از خانواده ی کرونا ویروس ها می‌باشد اما توالی ژنومی آن به هیچ یک از ویروس های قبلی این خانواده تعلق ندارد. توالی ویروسی مشتق از این ۹ بیمارهمولوژی (شباهت) ۹۹.۹۸ درصدی با هم نشان میداد که به معنای منشا یکسان آلودگی و انتشار سریع ویروس بود. ۸ نفر از این افراد با بازار غذاهای دریایی ووهان در تماس بودند. آنالیزهای فیلوژنی بیشتر نشان داد که توالی ویروس جدید بیشترین شباهت را به سویه های مشتق شده از خفاش که قبلا در بانک جهانی ژن ثبت شده بود دارند. با توجه به نرخ جهش و مقدار تفاوت های موجود در توالی ویروس جدید و سویه های مشتق شده از خفاش احتمال وجود یک ناقل دیگر به عنوان واسطه وجود داشت که تحقیقات بیشتر این احتمال را مطرح کرد که این واسطه می تواند پنگولین بوده باشد اما مخزن اصلی ویروس در طبیعت خفاش می باشد.
